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苹果手机上删除短信后，是否留痕主要取决于具体的删除方式和情境。
如果在短信中直接删除，并且没有开启iCloud备份或iTunes备份，那么删除后将无法恢复，因此可以说没有留痕，但如果开启了备份功能，即使短信被删除，仍然可以在iCloud或iTunes备份中查看历史记录。
如果使用第三方软件恢复删除的短信，那么这些短信是可以被找回的，这种情况下，删除后的短信在设备上可能仍然有留痕，不过这也取决于第三方软件的具体功能和操作方式。
苹果手机删除短信后是否留痕取决于是否进行了备份以及是否使用了第三方软件恢复，为了保护个人隐私和数据安全，建议定期备份并谨慎处理个人数据。